El creixement del nostre municipi, que en 1885 li va valdre la concessió del títol de Vila, va fer que la seu de l’edifici consistorial -i per tant l’arxiu- canviara diverses vegades d’ubicació. De la casa que ocupava al carrer Major núm. 16, en 1928 es va passar a la Plaça d’Espanya, dins del projecte d’eixample que portaria a l’obertura de la Rambla i la reestructuració urbana del nucli [7]. En l’estiu de 1937 -sent Secretari Municipal Basilio Sala Ortolà-, en plena Guerra Civil, tenim documentada l’obra de condicionament d’una habitació o magatzem per a arxiu, així com l’adquisició de prestatgeries de fusta. Sense que tinguem notícies que l’ajuntament fóra assaltat o saquejat durant la Guerra -com sí que va passar amb l’Església parroquial-, al març de 1939, finalitzada la contesa, es va rebre ordre precisa de confiscació dels arxius i documents dels “desafectos” al nou règim. Gran part d’aqueixos registres mai van ser traslladats a Madrid o a Salamanca -on la dictadura va formar un gran conjunt . documental confiscat als vençuts- i romandrien sent conservats en l’Arxiu Municipal.

De la dècada dels 50 data un altre inventari de la secretaria municipal que abasta dates que es remunten a 1868 [8]. La falta d’espai a la Casa Consistorial -i la poca consciència del seu valor- va obligar al fet que es traslladaren gran nombre de lligalls a dependències del nou Mercat Municipal, edificat en la dècada dels 60; així com també a locals del carrer Manuel Amorós.

L’impuls donat a la investigació històrica, amb la publicació del Resumen histórico de la Villa de San Juan de Alicante
, del cronista Manuel Sánchez Buades i el rector Federico Sala Seva en 1978, així com el naixement de l’Associació Cultural Lloixa a principis dels 80; va fer que sorgira una preocupació cap a la conservació de l’Arxiu Municipal. En el butlletí núm. 55 de l’A. C. Lloixa, de 1986, es proposava com a tema del mes “l’estat i futur de l’arxiu municipal”, en aquells dies inaccessible i en risc de perdre els lligalls depositats en el Mercat per les humitats, dispersió del fons i falta de protecció. En els anys 90 va ser traslladat part del fons documental als soterranis de la nova Casa de la Cultura

en el Carrer La Mar, on a vegades arribaven els documents en lamentable estat de conservació, segons ens explicava el cronista Isidro Buades Ripoll (1928-2019), gran amant de les nostres tradicions i història i defensor de la creació de l’arxiu municipal. No obstant això, caldria esperar a l’any 2000 perquè començaren les labors de recuperació, seguint criteris arxivístics, per part de Carolina Pérez Alemany, Noelia Marcos Fuster i Jorge Payà Sellés [9], sent aquest últim responsable dels treballs d’organització, posada en servei i difusió fins a febrer de 2013.

En 2011 la documentació seria traslladada a la seua ubicació actual en els soterranis del Centre Cultural, comptant amb depòsits, zona de treball, sala de consulta i espai per a activitats de difusió i exposicions. L’AMSJA, adherit al Sistema Valencià d’Arxius en Xarxa (SAVEX) i acollit a l’assessorament tècnic del Pla d’Ajuda a Arxius Municipals de la Diputació, és la base del sistema de gestió documental municipal i en l’actualitat afronta el repte de la digitalització de l’administració alhora que continua atenent les demandes internes i externas d’accés a la informació i la documentació.